U chomików dżungarskich rozróżnienie płci jest trudne. Samiec dżungarka ma między odbytem a otworem płciowym kilka sterczących włosków - samica jest tam nieowłosiona. U samicy dżungarków można w bardzo dobrym świetle zaobserwować niebieskawe obramowanie wokół pochwy. Gruczoł zapachowy na brzuchu u samców dżungarka jest nieowłosiony i wydziela brunatną wydzielinę zabarwiając brzuch.
Niewyszkolonym trudno jest odróżnić obydwie płci i dlatego łatwo można się stać hodowcą wbrew woli, jeżeli trzyma się chomiki parami.